La microtomographie à rayons X, comme la tomographie et la tomodensitométrie (TDM) à rayons X, utilise les rayons X pour créer des coupes transversales d’un objet physique qui peuvent être utilisées pour recréer un modèle virtuel (modèle 3D) sans détruire l’objet original. Le préfixe micro- (symbole : µ) est utilisé pour indiquer que la taille des pixels des coupes transversales est de l’ordre du micromètre. Ces tailles de pixel ont également donné lieu aux termes tomographie à rayons X à haute résolution, micro-tomodensitométrie (micro-CT ou µCT) et autres termes similaires. Parfois, les termes tomodensitométrie à haute résolution (HRCT) et micro-CT sont différenciés, mais dans d’autres cas, le terme micro-CT à haute résolution est utilisé. En pratique, la quasi-totalité de la tomographie est de la tomodensitométrie.

La micro-TDM a des applications tant en imagerie médicale qu’en tomodensitométrie industrielle. En général, il existe deux types de configurations de scanner. Dans le premier, la source de rayons X et le détecteur sont typiquement fixes pendant le balayage, tandis que l’échantillon/l’animal tourne. La seconde configuration, qui ressemble beaucoup plus à un scanner clinique, est basée sur un portique où l’animal/le spécimen est fixe dans l’espace tandis que le tube à rayons X et le détecteur tournent autour. Ces scanners sont généralement utilisés pour les petits animaux (scanners in vivo), les échantillons biomédicaux, les aliments, les microfossiles et d’autres études pour lesquelles des détails infimes sont souhaités.
Le premier système de microtomographie par rayons X a été conçu et construit par Jim Elliott au début des années 1980. Les premières images de microtomographie par rayons X publiées étaient des coupes reconstruites d’un petit escargot tropical, avec une taille de pixel d’environ 50 micromètres.